Das Präsidium besteht aus dem Präsidenten, zwei Vizepräsidenten und vier weiteren Mitgliedern. Das Präsidium wird von der Generalversammlung gewählt. Die Mitglieder des Präsidiums werden ehrenamtlich tätig. Der Präsident vertritt die Bundesnotarkammer.

Die Generalversammlung setzt sich aus den Vertreterinnnen und Vertretern der 21 Notarkammern zusammen. Dies sind die Präsidentinnen und Präsidenten der Notarkammern oder ein anderes von diesen entsandtes Mitglied. Die Generalversammlung ist das oberste Willensbildungsorgan der Bundesnotarkammer, das mindestens zweimal im Jahr tagt.

Das Präsidium bestellt mit Zustimmung der Generalversammlung die Geschäftsführung, welche die Geschäfte der Bundesnotarkammer nach den Weisungen des Präsidenten führen. Die Hauptgeschäftsführerin leitet die Geschäftsstelle. Alle Mitglieder der Geschäftsführung sind Notarassessorinnen und Notarassessoren, die auf Zeit bestellt bzw. entsandt werden.